Фамилия Сигнеенков — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Первое, что бросается в глаза, — суффикс -енков. В русской ономастике это вариант более распространённого -енко, характерного для украинской и южнорусской традиции. Форма на -ов (Сигнеенков вместо Сигнеенко) указывает на то, что фамилия обрусела: носитель или его предки переселились в великорусские губернии, где фамилии на -ов стали нормой. Сравните: Коваленко и Коваленков, Бондаренко и Бондаренков.

Основа Сигнеен- — самая сложная часть. Прямого и очевидного корня в русском языке нет. Вероятнее всего, это производное от неканонического имени или прозвища Сигней (или Сигнея). Такие имена могли возникнуть от прилагательного «сигний» — в некоторых говорах так называли сизый, серо-голубой цвет (сравните с «сизый», «синий»). Человек с такими глазами или одеждой мог получить прозвище Сигней. Суффикс -ей типичен для старых русских прозвищ (Матвей, Тимофей, но в народной форме — Корней, Сигней).

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с диалектным глаголом «сигать» (прыгать, скакать). В этом случае Сигней — прозвище непоседливого, резкого человека. Однако фонетически переход «сиг-» в «сигн-» менее естественен, чем связь с цветом.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где смешивались украинские и русские говоры: Курская, Белгородская, Воронежская области, а также юг Рязанщины. Именно там фамилии на -енков встречаются чаще всего. В дворянских родословных книгах Сигнеенковы не значатся — это крестьянская или мещанская фамилия, что подтверждает её прозвищное, а не служебное происхождение.

Таким образом, Сигнеенков — это «сын Сигнея», то есть человека, которого когда-то прозвали за цвет волос, глаз или за особенность поведения. Фамилия сохранила в себе редкую основу, которая почти исчезла из живого языка.