Фамилия Силинина — редкий случай, когда женская форма закрепилась в качестве основной, а не просто как вариант мужской. Обычно такие фамилии на «-инин» встречаются в северных и сибирских говорах, где патроним или прозвище могли передаваться через мать или вдову. В основе лежит личное имя Сила или прозвище Сила.

Имя Сила — из церковного календаря (апостол Сила, спутник Павла), но в народе его часто переосмысливали: «сила» как физическая мощь, крепость. Отсюда и прозвище Сила — так могли назвать рослого, здорового человека. Возможна и другая версия: в некоторых говорах «сила» означала «много», «великое количество», и прозвище давали многодетному или богатому хозяину.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Силинин — «сын Сили». В русской ономастике такая модель типична для фамилий, образованных от личных имён или прозвищ на -а/-я. Удвоение «-ин» (Силин → Силинин) встречается реже, но встречается: в некоторых регионах так образовывали форму от женского имени или прозвища Силина, то есть «сын Силины». Это могло быть связано с тем, что мать или бабушка носила такое прозвище, и фамилия закрепилась по материнской линии.

Географически фамилия Силинина — северорусская. По данным переписей XIX века, она встречалась в Вологодской, Архангельской и Пермской губерниях, а также в Сибири (Томская, Иркутская губернии). Это подтверждает северное происхождение: именно там была распространена модель на «-инин» и сохранялась память о женских прозвищах.

В отличие от массовой фамилии Силин, Силинина — более редкая и локальная. Если Силин мог возникнуть в любом регионе России, то Силинина чётко привязана к северу и Уралу. Вероятно, предки носителей этой фамилии были крестьянами или посадскими людьми, а сам родовой корень уходит в допетровскую эпоху.