Фамилия Симиненко образована по одной из самых распространённых в украинской ономастике моделей — с помощью суффикса -енко, который в XVI–XVII веках закрепился как обозначение потомка, сына или ученика. Буквально Симиненко — «сын Симона» или «потомок Симона». Но здесь есть одна особенность: в основе лежит не полная церковная форма Симон, а её разговорная, усечённая версия Сима или Сим. Такой переход — не редкость: полные имена в быту часто сокращали, а затем от этих сокращений образовывали фамилии. Сравните: Демьян → Деменко, Афанасий → Фесенко, Илья → Ильенко. Симиненко стоит в том же ряду.

Само имя Симон — древнееврейского происхождения, означает «внемлющий», «услышанный Богом». В православной и католической традиции оно было широко распространено благодаря апостолу Симону Петру. Однако в украинской среде имя нередко принимало народные формы: Симко, Симонко, Сима. От них и пошли фамилии Симоненко, Симченко, Симиненко. Разница в суффиксе -ин- в Симиненко указывает на мягкий вариант основы (Сима, а не Сим), что характерно для говоров центральной и левобережной Украины.

Географически фамилия тяготеет к Полтавщине, Сумщине и Черниговщине. В этих регионах в XVII–XVIII веках активно формировалось казацкое и крестьянское население, и фамилии на -енко там доминировали. Сословная принадлежность Симиненко, скорее всего, была невысокой: такие фамилии получали в основном крестьяне, реже — казацкая старшина. Дворянских родов с этой фамилией в исторических документах не зафиксировано, что подтверждает её «народное» происхождение.

В русских переписях фамилия встречается реже, чем на Украине, и обычно как следствие миграций XIX–XX веков. Встречается вариант написания с одной «н» — Симиненко, но это скорее орфографическая ошибка, так как суффикс -енко всегда пишется с одной «н», в отличие от русских фамилий на -енков. Таким образом, Симиненко — типичная украинская фамилия, рассказывающая о предке, которого в быту звали Сима, и о том, что его сын или внук стал Симиненко.