Фамилия Симоненка звучит непривычно для русского уха, и это — ключ к её разгадке. Она образована не по великорусской модели (с суффиксами -ов/-ев, -ин), а по украинской или белорусской. В основе фамилии лежит крестильное имя Симон, греческий вариант древнееврейского имени Шимон («услышанный Богом»). На Руси имя было распространено в форме Симон, а суффикс -енк(о), который у нас редуцировался до -енка, в украинском языке указывал на «малого» или «потомка»: Симоненко — это буквально «маленький Симон», то есть сын или внук человека по имени Симон.

Форма Симоненка (с ударением на последний слог, что типично для юго-западных говоров) закрепилась в результате адаптации фамилии к русскому языку. В украинской среде фамилия писалась бы как Симоненко, но при переселении семьи в великорусские губернии или при записи в документах окончание могли «обрусить» до -а, как это часто происходило с фамилиями на -енко. Поэтому носитель фамилии Симоненка — почти наверняка потомок выходца с Украины, из Беларуси или из южнорусских областей (Курская, Воронежская губернии), где украинское влияние было сильным.

Интересно, что фамилия Симоненка стоит в ряду с более частотными Симонов, Симаков, Симончук. Разница в суффиксе указывает на разную социальную среду: Симонов — это типичная боярская или дворянская фамилия (княжеский род Симоновых), а Симоненко/Симоненка — фамилия крестьянская или казачья. В реестрах запорожских казаков XVII века нередко встречаются прозвища вроде Симоненко, что говорит о происхождении из свободных военных общин, где фамилия обозначала не столько сословие, сколько родовую принадлежность.

Написание с конечной -а вместо -о — не ошибка, а живая черта говора. В документах XIX века такую фамилию могли записать и как Симоненко, и как Симоненка, и даже как Семененка (под влиянием народной этимологии, сближавшей имя Симон с более привычным Семён). Поэтому при поиске предков стоит проверять оба варианта написания.