Фамилия Синичко звучит по-южнорусски или по-украински: суффикс -ко характерен для восточнославянских фамилий, особенно распространённых на территории современной Украины и в южных регионах России. В основе, скорее всего, лежит прозвище Синица. Так могли назвать человека за внешнее сходство с птицей (небольшой рост, юркость, пёстрая одежда) или за особенности поведения — болтливость, подвижность, пронзительный голос.

Модель образования простая: прозвище Синич(а) плюс патронимический суффикс -ко, который в украинской традиции часто заменял великорусское -ов/-ев. То есть Синичко — это буквально «сын (или потомок) Синицы». Встречаются также варианты Синиченко (с более развёрнутым суффиксом) и Синицкий (с польско-шляхетским окончанием), но Синичко — более архаичная и короткая форма, типичная для Поднепровья и Слобожанщины.

Есть и другая, менее очевидная версия: фамилия могла произойти от личного имени Синичка — так в некоторых говорах ласково называли ребёнка, особенно девочку. В этом случае фамилия закрепилась уже от домашнего, внутрисемейного прозвища, а не от уличного. Ономасты (в частности, Б. Унбегаун в «Русских фамилиях») относят подобные образования к разряду «птичьих» прозвищ, которые в крестьянской среде были одними из самых ходовых.

Регионально фамилия Синичко встречается чаще всего в Черниговской, Полтавской и Харьковской областях, а также в южных районах Беларуси. В России она редка, но фиксируется у потомков переселенцев с Украины. Сословно носителями могли быть как казаки, так и крестьяне — прозвище не несло социальной окраски.

В написании фамилии возможна путаница: в документах XIX века её могли записать и как Синичко, и как Синичко́ (с ударением на последний слог). Сейчас нормативное ударение чаще падает на второй слог — СинИчко, хотя в украинском произношении сохраняется исконное ударение на «о».