Фамилия Синькинеева — редкий случай, когда женская форма живёт самостоятельной жизнью, а мужской вариант (Синькинеев) почти не встречается в документах. Это сразу подсказывает, что перед нами фамилия, закрепившаяся за женщиной либо в крестьянской среде, где женой называли по мужу, либо записанная в метриках по матери. Сама основа — Синькин — отсылает к прозвищу или имени Синька, которое в русских говорах могло означать человека с синеватым оттенком кожи (синюшного, бледного), либо того, кто носил одежду синего цвета. Синий краситель в старину был доступен не всем, так что «Синька» могло быть ироничным прозвищем щеголя или, наоборот, человека, чья одежда выцвела до синевы.

Суффикс -еев указывает на патронимическое происхождение: Синькинеев буквально «сын Синькинея», то есть внук Синьки. Такая двойная суффиксация (-ин + -еев) редка и встречается в основном в северных и сибирских говорах, где фамилии образовывали от отчества с добавлением второго суффикса. Например, от Синька — Синькин — Синькинеев. В центральной России чаще говорили бы просто Синькин или Синьков.

Географически фамилия Синькинеева привязана к Поволжью и Уралу. По данным переписей XIX века, носители такой фамилии встречались в Вятской и Пермской губерниях — в среде государственных крестьян и старообрядцев. Возможно, предок был прозван Синькой за цвет волос (синеватый отлив) или за привычку ходить в синем армяке. В некоторых диалектах «синька» — ещё и название растения-синюхи, так что не исключено, что прозвище дали травнику или знахарю.

В современном русском языке фамилия звучит архаично, но именно эта редкость и делает её ценной для потомков: она не стёрта массовыми переименованиями и сохранила след живой речи XVIII–XIX веков. Если искать корни, стоит обратить внимание на метрические книги Кировской и Пермской областей — там фамилия могла писаться через «е» или «и» (Синькинеева/Синькинеева), но основа оставалась той же.