Фамилия Сипатая принадлежит к древнему пласту русских семейных именований, образованных от прозвищ. В основе лежит прозвище Сипатый, а сама фамилия отвечает на вопрос «чей?» — то есть указывает на принадлежность роду человека по прозвищу Сипатый. Такая модель с конечным -ая типична для женской формы фамилии, но в ряде регионов России, особенно на юге и в Сибири, она закрепилась как неизменяемая фамилия для всего рода.

Самый прямой путь к смыслу прозвища ведет к глаголу «сипеть» — «храпеть, говорить сипло, издавать сиплые звуки». Вероятнее всего, Сипатым называли человека с сиплым, хриплым голосом. Такая примета была заметна окружающим и легко закреплялась как устойчивое именование. Однако у прозвища есть и вторая, диалектная ветвь значений. В народной речи слова «сип», «сипа», «сипач» могли означать крестьянина, необразованного, простоватого человека. В этом случае прозвище отражало не физическую особенность, а социальную характеристику — происхождение из низов, незнатное родство.

Историческая память о подобных именованиях сохранилась в документах. В письменных источниках XVI–XVII веков встречаются люди с прозвищем Сипа и производными от него фамилиями: Бодеин Сипатов упоминается в начале XV века в Торжке, а Иван Сипа — боярин, записанный в 1552 году. Эти записи показывают, что прозвище бытовало в разных слоях общества — от боярства до крестьянства, хотя со временем закрепилось преимущественно за простыми людьми.

Фамилия Сипатая, как и родственные ей Сипатов, Сипаев, Сипачёв, восходит к одному корню, но разошлась по разным словообразовательным моделям. Форма с окончанием -ая встречается реже, чем стандартные мужские варианты на -ов/-ев, что делает её особенно интересной для изучения семейной истории. Сегодня носители фамилии могут встретить её в документах, где она писалась через «а» на конце независимо от пола — так закрепилась традиция передачи прозвища в женской грамматической форме.