Фамилия Сипаткина — женская форма фамилии Сипаткин, а та, в свою очередь, образована от мужского прозвища или нецерковного имени Сипатка. Чтобы понять её корни, нужно разобрать основу «Сипат-». Скорее всего, в её основе лежит глагол «сипать» или «сипеть». В русских говорах «сипать» означало сыпать, бросать, а также издавать хриплый звук, сипеть. Таким образом, прозвище Сипатка мог получить человек с хриплым, сиплым голосом, либо же тот, кто занимался сыпучими работами, например, просеивал муку или зерно.

Суффикс «-к-» в прозвище Сипатка — уменьшительный, часто встречаемый в русских неофициальных именах (ср. Ванька, Петька, а также прозвища по действию: Болтайка, Шепотка). «Сипатка» — это не просто «сипящий», а скорее «сипловатый», «тот, кто сипит» в уменьшительно-ласкательной или пренебрежительной форме. В ономастике такая модель типична для фамилий, произошедших от прозвищ, описывающих внешность, характер или привычки человека.

Фамилия Сипаткин (и её женская форма Сипаткина) — относительно редкая. Её географическое распространение тяготеет к центральным и южным регионам России, где диалектный глагол «сипать» был в ходу. Встречаются также однокоренные фамилии: Сипатов, Сипаев, Сипин, Сипкин. Все они восходят к тому же корню «сип-», но с разными суффиксами, что указывает на независимое возникновение в разных местностях.

С точки зрения сословной принадлежности, фамилия Сипаткин, как и большинство фамилий на «-ин», скорее всего, сформировалась в среде крестьян или посадских людей. Фамилии на «-ин» в русском языке традиционно образовывались от основ, оканчивающихся на «-а» или «-я», и часто указывали на принадлежность к конкретному лицу: «сын Сипатки» или «человек Сипатки». Версия о происхождении от названия профессии (например, «сипатель» — тот, кто сыплет зерно) менее вероятна, так как в этом случае основа была бы «Сипатель-» и фамилия звучала бы как Сипателев. Таким образом, наиболее правдоподобным остаётся прозвищное происхождение — от человека с характерной хрипотцой в голосе.