Фамилия Сипатый — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, сохранив свою первоначальную форму. В отличие от большинства русских фамилий на -ов и -ин, она застыла в виде прилагательного, что сразу указывает на её относительно позднее оформление и возможное южное или восточное происхождение. Такие «немые» фамилии (Горбатый, Косой, Сипатый) чаще встречались в среде казачества и однодворцев, где прозвища дольше держались в быту.

Основа фамилии — прилагательное «сипатый». В русских говорах у этого слова два основных значения. Первое, и самое распространённое — «сиплый, хриплый, с надорванным голосом». Прозвище Сипатый давали человеку с характерной хрипотцой, возможно, после болезни или от рождения. Второе значение, зафиксированное в южных и западных диалектах, — «шепелявый, картавый». В украинском языке «сипатий» означает именно «шепелявый». Таким образом, предок мог выделяться особенностью речи: говорить сипло или невыговаривать часть звуков.

Суффикс -ат- здесь не фамильный, а словообразовательный, как в словах «бородатый» или «горбатый». Он указывает на обладание признаком в яркой степени. То есть Сипатый — это «тот, у кого сипота». Фамилия не склоняется по падежам как прилагательное, что в документах XIX века могло создавать путаницу: в ревизских сказках её могли записать и как «Сипатов», но именно форма на -ый закрепилась.

Географически фамилия тяготеет к югу России: Курская, Воронежская, Ростовская области, а также к Украине. Встречается она и у донских казаков. В старых документах прозвище «Сипатый» фиксируется с XVII века, например, в разрядных книгах упоминается казак Сипатый из Черкасска. Но как наследственная фамилия она оформилась позже, вероятно, в конце XVIII — начале XIX века, когда закрепилась за одним родом.

Родственных фамилий немного. Сипягин — от другого корня (сипяга, то есть сиплый человек). Сипачев — скорее от тюркского имени. А вот Сипатов — это уже вариант той же основы, но с типичным суффиксом принадлежности. Если предка звали Сипатый, его детей в официальных бумагах могли записать Сипатовыми. Поэтому обе фамилии, скорее всего, родственны, и их носители могут иметь общего предка, которого когда-то окрестили за хриплый или шепелявый говор.