Фамилия Сипатины — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу рода, оставило после себя письменные следы уже на заре русской антропонимии. В исторических документах XVI–XVII веков встречаются Бодеин Сипатин (начало XV века, Торжок) и Иван Сипата (боярин, 1552 год). Это не просто сухие упоминания: они показывают, что прозвище бытовало в разных слоях общества — от боярства до простых посадских людей, и закрепилось в фамилию достаточно рано.

Само прозвище Сипата, от которого пошла фамилия, ономасты выводят из глагола «сипать» — «дергать», «тянуть с перемежкою». Слово характерно для речи западных славян, что может указывать на географические корни предков. Но здесь исследователь сталкивается с проблемой: в старину едва ли не каждая работа была связана с перемещением или передвижением чего-либо, поэтому точно определить род занятий основателя фамилии по такому корню невозможно.

Более прозрачна вторая версия, связывающая прозвище с глаголом «сипеть». Тогда Сипатой называли человека с сиплым, хриплым голосом. Эта гипотеза выглядит правдоподобнее хотя бы потому, что опирается на физическую особенность, которая сразу бросалась в глаза окружающим. Не стоит сбрасывать со счетов и диалектные слова «сип», «сипа», «сипач» — так в некоторых говорах называли грубого, необразованного мужика. В этом случае прозвище несло уже не столько описательную, сколько социальную характеристику.

Фамилия образована по стандартной патронимической модели с суффиксом -ин, который в русском языке указывает на принадлежность: Сипатин — сын Сипаты. Подобный тип фамилий широко распространен, но конкретно эта фамилия выделяется на общем фоне своей редкостью и неоднозначной этимологией. Сравните с более частотными однокоренными вариантами вроде Сипачёв или Сипатов — они расходятся в суффиксах, но тянутся к тем же основам.

Точное место и время возникновения фамилии сегодня установить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на столетия, и одна и та же фамилия могла независимо появиться в разных регионах. Но сам факт фиксации прозвища в торжокских документах XV века позволяет предположить, что искать корни Сипатиных стоит в новгородских и тверских землях, где Торжок играл роль важного торгового и административного центра.