Фамилия Ситонин — редкий пример, когда основа настолько затемнена, что даже специалисты расходятся в её толковании. Словообразовательная модель прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность «сын такого-то» или «чей-то человек». А вот что скрывается за корнем «ситон» — главный вопрос.

Самая правдоподобная версия ведёт к диалектному слову «ситоня», которое в некоторых говорах означало «копунья», «медлительный человек». Если это так, то прозвище Ситоня давали нерасторопному, задумчивому человеку, а его потомки стали Ситониными. Модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ с суффиксом -оня (ср. Медведя, Тихоня, Вертоня).

Вторая версия — от имени собственного. В старину на Руси встречалось редкое каноническое имя Ситон (возможно, искажённое от греческого «ситон» — «лен» или от библейского Ситтим). В этом случае фамилия означает «сын Ситона». Однако документальных подтверждений бытования такого имени в крестьянской среде почти нет, поэтому версия с прозвищем выглядит убедительнее.

Географически фамилия Ситонин встречается точечно: основные очаги — Тверская и Псковская области, а также отдельные семьи в Сибири (потомки переселенцев XIX века). Это наводит на мысль, что прозвище Ситоня могло быть локальным, характерным для северо-западных говоров.

Интересная деталь: в некоторых переписях XVII–XVIII веков фамилия писалась через «а» — Сатонин. Такое написание могло возникнуть под влиянием акающего произношения или случайной ошибки писаря. Но современный вариант с «и» закрепился как нормативный.

Сословная принадлежность предков Ситониных, скорее всего, крестьянская или мещанская. В дворянских родословных книгах эта фамилия не зафиксирована.