Фамилия Ситнин образована от прозвища Ситня. Слово «ситня» в русских говорах имело два значения: мелкий дождь, морось, и — в переносном смысле — человек, который говорит быстро, дробно, «сыплет словами как ситом». Вторая версия выглядит убедительнее, если вспомнить, что прозвища часто давали по манере речи или поведения. «Ситня» в этом значении — говорун, тараторка, человек с быстрой, неумолкающей речью.

Суффикс -ин указывает на типичную русскую модель образования фамилий от прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. Первоначально Ситнин означал «сын Ситни» или «человек из семьи Ситни». Такие фамилии закрепились в северных и центральных областях России, где были распространены прозвища с уменьшительными или описательными суффиксами. В документах XVIII–XIX веков фамилия встречается в Тверской, Ярославской и Вологодской губерниях.

Интересно, что фамилия Ситнин не связана с названием растения ситник (осока), как могло бы показаться на первый взгляд. Корень здесь другой — от «сито» и его производных. В русских говорах «ситный» означало «просеянный», а «ситня» — мелкую фракцию, крошку. Возможно, прозвище давали и человеку, который занимался просеиванием муки или крупы, но эта версия менее вероятна, чем прозвище по характеру.

Родственные фамилии — Ситников, Ситнов, Ситнев — образованы от той же основы, но с разными суффиксами. Ситнин среди них — самая редкая, что подтверждает её локальное происхождение. В современных справочниках фамилия не входит в число распространённых, но сохранилась в основном в тех же регионах, где была зафиксирована в XIX веке.