Фамилия Скабеев образована от прозвища или нецерковного имени Скабей. В её основе лежит слово «скаба», которое в древнерусских говорах означало занозу, щепку, а в переносном смысле — придирчивого, въедливого или колкого человека. Суффикс -ев указывает на принадлежность: Скабеев буквально значит «сын Скабея» или «потомок человека по прозвищу Скабей».

Слово «скаба» родственно глаголу «скаблить» (скоблить, царапать). В некоторых диалектах «скабой» называли также скупого или расчетливого человека, который «скребет» каждую копейку. Таким образом, прозвище могло характеризовать либо острого на язык спорщика, либо бережливого хозяина.

В отличие от более распространённых фамилий на -ов, Скабеев встречается реже. Ономасты (в частности, Б. Унбегаун в своём труде о русских фамилиях) относят подобные образования к типичным для северных и центральных областей России, где прозвища от бытовых слов были особенно живучи. Географически следы фамилии прослеживаются в старых писцовых книгах Новгородской и Вятской земель — там фиксировались крестьяне и посадские люди с таким именованием.

Спорных версий происхождения немного. Иногда Скабеева пытаются связать с тюркским корнем, но это маловероятно: слово «скаба» — исконно славянское, а фамилия не имеет тюркских аффиксов. Также не стоит путать её с фамилией Скабичевский, где суффикс -ский указывает на польское или украинское происхождение от географического названия.

В итоге фамилия Скабеев — это классический пример прозвищной русской фамилии, в которой заложена живая характеристика предка: колкий, дотошный или прижимистый человек. Такие фамилии редко носили дворяне — чаще они принадлежали крестьянам, ремесленникам или служилым людям «по прибору».