Фамилия Скарлухина — женская форма фамилии Скарлухин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Скарлуха. Корень здесь редкий и требует внимательного разбора, поскольку на слух фамилия напоминает что-то «скорлупное», но это внешнее сходство.

Скорее всего, основа восходит к диалектному слову «скарлуха» (или «скарлушка») — так в некоторых русских говорах, особенно на севере и в Сибири, называли скорлупу, шелуху, кожуру. Прозвище Скарлуха могли дать человеку за какую-то внешнюю особенность (например, за сухощавость, шелушащуюся кожу) или за профессию, связанную с очисткой зерна, лущением. В ономастике известен ряд фамилий на -ухин, образованных от прозвищ с уменьшительно-уничижительным суффиксом -ух(а): Скорлухин, Скорняков (от скорняк — кожевник), но Скарлухин стоит особняком из-за гласной «а» в корне.

Вторая версия, менее вероятная, но не исключённая: связь с южнославянскими или румынскими корнями, где «скарлэ» (scarlă) могло означать «чесотка», «парша». Однако для русской фамилии такое происхождение спорно, так как в русских говорах слово «скарлуха» фиксируется именно в значении «скорлупа», и именно на него указывает словарь русских народных говоров.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Скарлухин — сын Скарлухи. Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, и географически привязана к северным и центральным губерниям России, где фиксировались прозвища с корнем «скорлуп-» в варианте «скарлух-». Встречаемость фамилии сегодня невысокая, что делает её ценной для локальной генеалогии: носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких соседних сёл.