Фамилия Скарлушин — редкий случай, когда корень слова почти наверняка указывает на конкретное ремесло или бытовую деталь, а не на личное имя. Основа «скарлуш-» восходит к диалектному слову «скарлуха» — так в некоторых русских говорах называли скорлупу, шелуху, чешую, а также черепок или раковину. Образование через суффикс -ин типично для фамилий, произошедших от прозвищ: Скарлуша — человек, которого так прозвали, а Скарлушин — его потомок.

Кем мог быть этот Скарлуша? Самая прямая версия — ремесленник, работавший с твёрдыми оболочками: например, тот, кто чистил рыбу или орехи, обдирал кору, либо делал пуговицы из раковин и кости. В северных и центральных губерниях России слово «скарлуха» могло относиться к шелухе от зерна или лузге, так что прозвище мог получить мельник или крестьянин, занятый обмолотом. Менее вероятно, но возможно, что прозвище дали за внешность — сухощавому, «шелудивому» или с шелушащейся кожей человеку.

Суффикс -ин, а не -ов, указывает на то, что прозвище образовано от существительного женского рода (Скарлуша). Такая модель характерна для фамилий, возникших в среде крестьян и посадских людей, где прозвища часто давались по бытовым признакам. В дворянских или книжных фамилиях подобная основа почти не встречается — это верный признак простонародного происхождения.

Географически фамилия Скарлушин редкая и тяготеет к южнорусским и поволжским областям, где диалектное слово «скарлуха» фиксируется в говорах Рязанской, Тамбовской и Воронежской губерний. Встречаются единичные носители в Белоруссии и на Украине, что может объясняться польским влиянием: в польском «skorlupa» — скорлупа, а «skorluszyna» — нечто, сделанное из неё.

Спорных версий немного. Можно предположить связь с тюркским «скарлы» (бедный, жалкий), но это натяжка — фонетически слово «скарлуша» куда ближе к славянскому корню «скорлуп-», известному с древнерусских времён. Другие объяснения, например, от названия рыбы «скарлух» (разновидность окуня), не подтверждаются словарями промысловой лексики.

Таким образом, Скарлушин — фамилия-прозвище, родившаяся в крестьянской или ремесленной среде. Её носитель, скорее всего, потомок человека, который был связан с обработкой скорлупы, чешуи или шелухи — занятием невидным, но необходимым в хозяйстве.