Фамилия Скарлупина — женская форма, а её мужской вариант — Скарлупин. В русской традиции такие фамилии на -ин обычно указывают на принадлежность: «чей?» — Скарлупин, то есть сын или потомок Скарлупы. В основе лежит прозвище Скарлупа, которое, скорее всего, связано с диалектным словом «скарлупа» — скорлупа (яичная или ореховая). В некоторых говорах так называли не только скорлупу, но и черепок, обломок, а в переносном смысле — человека скупого, замкнутого, «как в скорлупе», или, наоборот, худого, «лёгкого, как скорлупа».

Интересно, что фамилия может иметь и профессиональные корни. В южнорусских и украинских говорах «скарлупити» означало «чистить, лущить», например, снимать скорлупу с орехов или яиц. Прозвище Скарлупа могли дать работнику, занятому на производстве, связанном с лущением зерна, или же повару, который постоянно колол яйца. Встречается также версия, что Скарлупа — это искажённое «шкарлупа» (то же значение), а в некоторых регионах так называли каменистую почву, и прозвище могло закрепиться за крестьянином, жившим на бесплодной земле.

Фамилия довольно редкая. Географически она чаще встречается на юге России и в восточных областях Украины, что подтверждает её связь с украинской и южнорусской лексикой. Суффикс -ин типичен для фамилий, образованных от основ на -а, поэтому морфологически фамилия бесспорна: корень «скарлуп-», суффикс «-ин». В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто происходят от полных христианских имён, Скарлупина указывает на прозвищную основу, что типично для более поздних, «бытовых» фамилий крестьян и мещан.

Если сравнивать с однокоренными, то можно вспомнить фамилию Скорлупин (с «о» в первом слоге) — она встречается чаще и считается более «общерусской». Скарлупина же сохранила диалектное аканье или южное произношение, что делает её ценным маркером регионального происхождения предков. Сословно носители фамилии, скорее всего, были из крестьян или посадских людей, поскольку прозвища от предметов быта и ремёсел редко давали дворянам.