Фамилия Скарлупин — редкая и неочевидная. Её основа — не славянское слово, а итальянское scarlupo или scarlupino, что означает «скорлупа», «панцирь», «чешуя». В русской среде это прозвище получил, скорее всего, человек с необычной внешностью: например, с шелушащейся кожей или, в переносном смысле, «закрытый», «колючий», как в панцире. Впрочем, не исключён и профессиональный вариант: так могли прозвать торговца орехами или яйцами — товаром в скорлупе.

Суффикс -ин указывает на патронимический способ образования: «чей сын?» — Скарлупин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Скарлупа. В русских говорах слово «скарлупа» действительно встречается — это диалектный вариант «скорлупы», с аканьем и упрощением. Южнорусские и западные говоры нередко заменяют начальное «ско-» на «ска-», что и закрепилось в фамилии.

Судя по модели, фамилия могла сложиться не раньше XVI–XVII веков, когда на Руси активно закреплялись прозвищные фамилии на -ин. Ареал бытования, вероятно, связан с южными областями России, Украиной или Белоруссией, где аканье было нормой. Встречается она крайне редко: в современных базах данных — единичные записи, в основном в Центральной России и на юге.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Скорлупов, Скорлупкин) показывает, что Скарлупин стоит особняком. Вариант на «а» — более диалектный и редкий, что делает его ценным для историков говоров. Если ваш предок носил эту фамилию, он, скорее всего, происходил из крестьянской или посадской среды, где прозвища давали по яркой, заметной черте — внешней или бытовой.