Фамилия Скарубин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано с внешностью или манерой поведения, а не с профессией или именем. Корень «скарб» в русских говорах означает «скупой, жадный человек», а также «скупость, скряжничество». В словаре Владимира Даля «скарб» — это именно скупец, тот, кто трясётся над каждой копейкой. Соответственно, Скаруба — прозвище скупого или прижимистого человека. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Скарубин, то есть сын или потомок Скарубы.

Версия с польским или украинским «скарб» (сокровище, имущество) маловероятна: в восточнославянской антропонимии прозвища от «скарба» в значении «богатство» не зафиксированы, а вот отрицательные черты характера становились фамилиями очень охотно. Сравните: Жадин, Скупов, Алтынов — все они образованы от прозвищ, обозначающих жадность.

География фамилии узкая. Скарубины встречаются в основном на юге России и в Поволжье, особенно в Волгоградской и Ростовской областях. Это косвенно указывает на возможное происхождение от выходцев из украинских или южнорусских губерний, где слово «скарб» в значении «скупец» было в ходу. Сословно фамилия, скорее всего, крестьянская или мещанская: прозвища с ярко выраженной отрицательной оценкой редко давали людям знатного происхождения.

Словообразовательная модель проста: усечение основы (Скар-уб-а) с редким для русских фамилий суффиксом -уб- (сравните: Голуба, Кривуба, Чернуба). Этот суффикс характерен для украинской и южнорусской традиции и придаёт прозвищу оттенок уничижительности или экспрессивности. Таким образом, Скаруба — не просто «скупой», а «скуповатый, скряга».

Встречается вариант написания Скорубин, но он вторичен: под влиянием акающего произношения «о» заменилось на «а». Исторически правильная форма — через «а». Иных версий происхождения (например, от тюркских корней) не существует — это чисто славянская фамилия с прозрачной внутренней формой.