Фамилия Скарюпина — женская форма, а мужская, Скарюпин, образована по самой распространённой в русском языке модели: от основы на согласный с помощью суффикса -ин. Это указывает на принадлежность («чей?» — сын или потомок Скарюпы). Сама же основа — прозвище Скарюпа — звучит необычно даже на фоне других русских прозвищ.

Слово «скарюпа» в русских говорах не зафиксировано в словарях литературного языка, но оно явно связано с диалектным глаголом «скарючиться» — скорчиться, сжаться, съёжиться, или с прилагательным «скорюплый» — сморщенный, шершавый, ссохшийся. В ряде южнорусских и украинских говоров «скарюба» или «скорюпа» означала нечто грубое, неровное, например, кору или нарост на дереве. Таким образом, прозвище Скарюпа могли дать человеку с морщинистой, шершавой кожей, сутулому или тому, кто постоянно ходил сгорбившись. В переносном смысле — человеку неуживчивому, «сжатому» в общении.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто образовывались от крестильных имён (Иван — Иванов), фамилии на -ин в основном происходили от прозвищ или мирских имён, оканчивающихся на -а/-я. Скарюпин стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Косорукин, Горбунов, Хромов — все они отражают внешнюю или поведенческую особенность предка. Географически фамилия редкая, встречается преимущественно в центральных и южных областях России, а также в Поволжье, что косвенно подтверждает её диалектное происхождение.

Версия о происхождении от тюркского или финно-угорского корня маловероятна: слово «скарюпа» имеет прозрачную славянскую этимологию, а фамилия не характерна для регионов с сильным иноязычным влиянием. Сословного барьера у фамилии не было: прозвище могли дать и крестьянину, и ремесленнику, и даже служилому человеку, если его внешность или характер давали повод.

Итог простой: предок носителя фамилии Скарюпин получил прозвище за характерную внешность — скорее всего, за сгорбленность или морщинистую кожу. Фамилия сохранила редкое диалектное слово, которое сегодня почти вышло из живого употребления.