Фамилия Скотарева — женская форма фамилии Скотарев, и её происхождение напрямую связано с не самой хлебной профессией. В основе лежит слово «скот» и суффикс -арь, который в русском языке обозначал человека по роду занятий (как писарь, пекарь, звонарь). Таким образом, Скотарь — это пастух, скотник, работник, ухаживающий за крупным рогатым скотом. Фамилия образовалась по стандартной модели: сначала возникло прозвище или мирское имя Скотарь, а затем к нему добавился патронимический суффикс -ев, указывающий на принадлежность: «сын Скотаря».

Это редкий случай, когда фамилия сохранила в основе не притяжательное прилагательное (Скотин, Скотников), а прямое указание на конкретную работу с суффиксом деятеля. Сравните с фамилией Скотников — она образована от «скотник», а Скотарев — от «скоторь» (в некоторых говорах «скотарь»). Разница в суффиксе (-ник и -арь) может указывать на разную региональную традицию: форма на -арь чаще встречалась в южнорусских говорах и на Украине.

В дореволюционных переписях фамилия Скотарев встречается преимущественно в южных губерниях Российской империи — Воронежской, Курской, Харьковской. Это логично: в чернозёмной полосе скотоводство было одним из основных занятий крестьян, и прозвище по роду работы легко закреплялось за целым родом. Сословно предки Скотаревых, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами, реже — однодворцами.

Слово «скотарь» имеет и второе, более редкое значение — так в некоторых диалектах называли скупого, жадного человека (как «скотина» в переносном смысле). Однако эта версия менее вероятна: ономасты (в частности, Б. Унбегаун в «Русских фамилиях») отмечают, что фамилии, образованные от названий профессий, почти всегда восходят к прямому значению, если только нет документальных свидетельств об отрицательном прозвище. Для Скотаревых таких свидетельств нет, поэтому версия с пастухом — основная и самая правдоподобная.

Ударение в фамилии, как правило, падает на второй слог: Скота́рева. Встречается и вариант Ско́тарев, но он менее распространён и может быть результатом поздней орфографической путаницы.