Фамилия Скотина — редкий случай, когда основа совпадает с современным бранным словом. Но в момент возникновения фамилии (XVI–XVII века) у слова «скотина» не было оскорбительного оттенка. Оно означало просто «домашнее животное» или «имущество в виде скота». Поэтому предок, получивший такое прозвище, мог быть пастухом, скотником или владельцем большого стада.

Фамилия образована по архаичной модели — от прозвища без суффикса (чистая основа) с последующим добавлением -а, что характерно для украинских, белорусских и южнорусских говоров. В северных и центральных регионах прозвище, скорее всего, превратилось бы в Скотников или Скотницын. То есть фамилия Скотина — это не «женская» форма, а застывшее прозвище в именительном падеже, которое записали как есть. Подобным образом возникли фамилии Корова, Телятина, Овца.

Вторая, менее вероятная версия, — связь с диалектным словом «скот» в значении «скупой, жадный человек» (в некоторых говорах Вологодчины и Сибири). Но эта гипотеза слабая: в ономастике нет устойчивого следа такого переноса. Основная масса носителей фамилии сосредоточена на западе и юге России, а также в Беларуси, что совпадает с ареалом скотоводческого прозвища.

В советское время фамилия могла становиться причиной для насмешек, и некоторые носители меняли её на Скотников, Скотнин или даже Скотин. Поэтому Скотина — одна из тех фамилий, у которых «неудобное» звучание — результат не злого умысла, а старой языковой нормы, где слово было нейтрально-бытовым.