Фамилия Скубиду — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение вызывает больше вопросов, чем ответов. В отличие от типичных русских фамилий на -ов, -ин или -ский, она не вписывается в привычные словообразовательные модели. Скорее всего, перед нами искусственная, книжная или прозвищная фамилия, возникшая относительно поздно.

Наиболее вероятная версия связывает Скубиду с латинским глаголом scubido или его производными, означающими «стеречь», «охранять» или «наблюдать». В этом случае фамилия могла быть семинарской — такие давали выпускникам духовных училищ и семинарий в XVIII–XIX веках. Священники и их дети нередко получали фамилии, переведённые на латынь или образованные от латинских корней, чтобы подчеркнуть учёность. Скубиду могло означать «бдительный», «страж» — характеристика, подходящая для церковного служителя. В пользу этой версии говорит и необычное окончание -у, которое встречается в латинизированных фамилиях (например, Виноградов — Vindogradus, но в русской передаче могло дать и форму вроде Скубиду).

Другая гипотеза — происхождение от прозвища. В южнорусских и украинских говорах существовало слово «скубать» (драть, теребить), а «скубан» или «скубий» могли называть человека с дёргаными движениями, неряшливого или, наоборот, того, кто «щиплет» (например, коноплю). Суффикс -иду в таком случае — редкий, возможно, заимствованный из западных языков или придуманный при оформлении фамилии в официальных документах. Однако эта версия слабее, так как подобные модели практически не встречаются в русской антропонимии.

Географически фамилия Скубиду почти не распространена. В дореволюционных справочниках и современных базах данных она встречается единично, в основном в центральной России и на юге. Это подтверждает её искусственное происхождение: массово такие фамилии не передавались по наследству, а оставались локальными. Сравните с однокоренными, но более понятными Скубиным или Скубарем — они образованы от того же «скубать», но по обычным русским моделям. Скубиду же стоит в ряду редких латинизированных фамилий, вроде Абитуриентов или Реформатских.

Таким образом, если вы носите фамилию Скубиду, ваши предки, скорее всего, имели отношение к духовному сословию — были священниками или дьячками, получившими «учёную» фамилию в семинарии. Точного значения слова уже не восстановить, но «страж» или «бдительный» — самое правдоподобное толкование.