Фамилия Скубира — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, сохранив свою первоначальную глагольную форму. В её основе лежит древнерусское или, скорее, западнорусское (украинское или белорусское) слово «скубирати» — то есть скубти, драть, обдирать, а в переносном смысле — вымогать, брать взятки, придираться. Человек, которого прозвали Скубира, мог быть либо придирчивым, мелочным, либо тем, кто «дерёт» с других деньги, то есть взяточником или лихоимцем.

Фамилия образована по модели повелительного наклонения, распространённой в прозвищах: «скуби» (рви, дери) + «ра» (суффикс деятеля). Такие прозвища часто давали за характерное действие или профессию. В отличие от фамилий на -ов/-ин, которые застывают в притяжательной форме («чей?» — Скубирин), форма Скубира осталась именительным падежом, что типично для украинской и польской ономастики. В польском языке есть схожее «skubiera» — обдирала, скряга.

Географически фамилия тяготеет к западным регионам: Украина, Беларусь, юго-запад России. Встречается она крайне редко, и это говорит о том, что прозвище было не самым лестным — его давали не всем подряд, а за конкретную черту характера или поступок. Сословной привязки у фамилии нет: Скубирами могли называть как крестьян, так и мелких чиновников или ремесленников, если те проявляли жадность или придирчивость.

Если рассматривать альтернативную версию, иногда фамилию связывают с диалектным «скуба» — клок волос, прядь. Тогда прозвище могло относиться к человеку с торчащими, нечёсаными волосами. Но глагольный корень «скубить» (драть, щипать) встречается в документах и говорах гораздо чаще, и семантика действия здесь первична. Таким образом, предок носителя фамилии Скубира, скорее всего, был человеком с неуживчивым характером или нечистым на руку — прозвище закрепилось за ним и не исчезло, превратившись в фамилию.