Фамилия Скубо — одна из тех, что ставят исследователя перед выбором: балто-славянский корень или диалектное слово? Скорее всего, перед нами прозвищная фамилия, образованная без типичного русского суффикса (-ов, -ин), что сразу указывает на её возможное западнорусское или белорусское происхождение. В этих землях фамилии на -о, -а, -у (Скубо, Скуба, Скубко) встречаются гораздо чаще, чем в центральной России.

Самая вероятная версия связывает основу «скуб-» с древним глаголом «скубать» — драть, щипать, выдирать. В говорах так говорили о тех, кто дерёт лыко, щиплет шерсть или даже о скупом человеке, который «скубёт» каждую копейку. Прозвище Скубо мог получить либо крестьянин, занятый обработкой льна или дранием лыка, либо человек с прижимистым, цепким характером. В белорусском языке «скубы» — это ещё и вихры, клочья волос, так что прозвище могло быть дано за неопрятную или торчащую шевелюру.

Альтернативная, но менее вероятная версия — балтский след. В литовском есть слово «skubus» (спешный, торопливый) или «skubėti» (спешить). Если предки носителя фамилии жили на границе с Литвой или в бывшем Великом княжестве Литовском, прозвище Скубо могло означать «торопыга» или «поспешный человек». Однако, учитывая широкую славянскую глагольную основу, версия со «скубанием» выглядит убедительнее и встречается в словарях прозвищ чаще.

Исторически фамилия Скубо редкая и локальная. Её можно встретить в польских и белорусских метриках, а на территории современной России — преимущественно в Псковской, Смоленской и Брянской областях, то есть в зоне древнего смешения славянских и балтских говоров. Никаких данных о дворянском происхождении или массовом распространении фамилии нет — это, скорее всего, фамилия крестьянская или мещанская, закрепившаяся за одной-двумя семьями в конкретном регионе.