Фамилия Скуря — редкий случай в русском ономастиконе. Она не укладывается в привычную модель с суффиксами -ов, -ин, -ский, а представляет собой застывшее прозвище в чистом виде, без патронимического оформления. Это так называемая «нетитловая» фамилия, которая могла закрепиться в южнорусских, украинских или белорусских говорах, где такие формы встречаются чаще, чем на севере.

Корень фамилии — «скур-», который в древнерусском и украинском языках связан со словом «скура» — шкура, кожа. Прозвище Скуря могли дать человеку, который имел дело с выделкой кож: скорняку, кожевнику или торговцу шкурами. В этом случае фамилия — профессиональное прозвище, прямо указывающее на занятие предка. Возможна и другая версия: в диалектах «скура» означала не только кожу, но и нечто тонкое, просвечивающее, или, напротив, грубое и жесткое — так могли прозвать человека за особенности внешности или характера.

Словообразовательная модель проста: основа «скур-» плюс окончание -я. В восточнославянских языках такой суффикс характерен для прозвищ, образованных от существительных (ср. Кривоног, Борода, Голова). Фамилия Скуря не имеет очевидных параллелей с крестильными именами, что говорит о её чисто прозвищном происхождении.

Географически фамилия тяготеет к западу и югу России, а также к Украине. В документах XVII–XVIII веков встречаются отдельные упоминания Скурей среди казаков и мещан, но массового распространения фамилия не получила. В современной России она остаётся редкой: по разным данным, её носят не более нескольких сотен человек, в основном на Кубани, в Ростовской области и в приграничных с Украиной регионах.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Скуря стоит особняком. Скорняков, Скуратов, Шкуратов — все они образованы от тех же корней, но с помощью суффиксов, указывающих на принадлежность (чей сын?). Скуря же осталась в исходной форме, без «фамильного» суффикса, что делает её более древней по структуре, хотя не обязательно по времени возникновения. Это не «сын Скури», а сам Скуря — прозвище, которое стало родовым именем напрямую.