Фамилия Слонимер стоит особняком в ряду русских фамилий — она не крестьянская, не дворянская по происхождению, а еврейская ашкеназская, причём с довольно прозрачной внутренней формой. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий на -ов/-ев или -ин, Слонимер образована с помощью суффикса -ер, типичного для фамилий евреев Восточной Европы (ср. Швейцер, Зингер, Лакнер). Этот суффикс часто указывал на профессию или место жительства.

Основа фамилии — топоним Слоним. Слоним — старинный город в Беларуси (Гродненская область), известный с XIII века, с крупной еврейской общиной. Таким образом, Слонимер — это «выходец из Слонима», то есть человек, который переехал из этого города в другое место. Модель «название города + суффикс -ер» была стандартной для еврейских фамилий, присваивавшихся в Российской империи в конце XVIII — первой половине XIX века, когда евреев обязали взять постоянные фамилии.

Версия о том, что фамилия произошла от прозвища, связанного со словом «слон», маловероятна: в славянской среде «слон» был редким зверем, а в еврейской антропонимии такие зооморфные основы почти не встречаются. Географическая привязка к Слониму — единственное убедительное объяснение. Фамилия не единична: существуют однокоренные Слонимский, Слоним, Слонимер — все они указывают на одно и то же место происхождения, но различаются по способу оформления.

Носители фамилии Слонимер встречаются в основном среди потомков еврейских семей из Беларуси и соседних регионов, а после эмиграционных волн конца XIX — начала XX века — в США, Израиле и других странах. В России фамилия редкая, но не исчезнувшая.