Фамилия Смоколдина — женская форма от Смоколдин, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Формант -ин указывает на типично русскую модель образования от прозвища или имени, оканчивающегося на -а/-я. Мужские фамилии на -ин в большинстве своём означали «чей?» — то есть «сын такого-то» или «принадлежащий такому-то». Смоколдин — буквально «сын Смоколды».

Сама основа «Смоколда» — это прозвище, и здесь исследователи сталкиваются с неочевидным корнем. Самая вероятная версия связывает его с диалектным словом «смоколда» или «смокольда». В русских говорах, особенно северных и вологодских, «смокольда» — это вялый, хилый человек, а также нечто дряблое или размякшее. В словаре Даля зафиксирован глагол «смокнуть» — «мокнуть, киснуть, преть», а «смоклый» — «отсыревший, размякший». Прозвище Смоколда могли дать человеку медлительному, вялому или болезненному. Не исключено, что слово имело ироничный оттенок — так могли прозвать того, кто вечно жалуется на усталость.

Есть и альтернативная, менее убедительная версия — от названия растения «смоковница» (инжир), но для центральной России это маловероятно: смоковница — южная культура, и прозвище по ней было бы редким. Также можно предположить связь с «смола» — смолистый, липкий, но фонетика («смок» вместо «смол») делает эту гипотезу натянутой.

Географически фамилия Смоколдин (и Смоколдина) встречается в основном в Поволжье и на Урале, особенно в Пермском крае и Кировской области. Это зона бытования севернорусских говоров, где слово «смокольда» было в ходу. В писцовых книгах XVI–XVII веков такие прозвища нередки: например, упоминания крестьян Смоколд или Смокольников встречаются в переписях Вятской земли. Скорее всего, предки носителей фамилии были крестьянами или посадскими людьми — фамилии на -ин в этой среде образовывались от прозвищ, которые давали в быту, а не от церковных имён.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Смоколдин стоит в одном ряду со Смокольниковым и Смокловым — все они восходят к одному корню, но с разными суффиксами. Смоколдина — редкая фамилия, не вошедшая в массовые списки дворянских родов, что подтверждает её простонародное происхождение.