Фамилия Смоковдина — женская форма от мужской Смоковдин, и её основа та же, что у слова «смоковница». В отличие от большинства русских фамилий, которые образованы от имён, профессий или прозвищ, эта отсылает к библейскому и ботаническому образу: смоковница — это фиговое дерево, инжир. Прямого указания на занятие или внешность здесь нет, но есть прозрачная метафора: прозвище Смоква или Смоковник могли дать человеку, который торговал сушёным инжиром (в южных губерниях смоква — это и плод, и вяленая заготовка), либо тому, кто жил возле смоковницы или сам был похож на дерево — например, коренастый, с раскидистой фигурой. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Смоковдин — буквально «сын Смоковды» или «человек из семьи Смоковды».

Слово «смоковница» в русском языке книжное, церковнославянское, и фамилия могла возникнуть в среде духовенства или купечества, имевшего дело с южными товарами. В народной речи чаще употребляли «смоква» — так называли и плод инжира, и варенье из него, и даже пастилу. Поэтому возможна и версия, что Смоковдины — потомки тех, кто варил смокву или держал лавку со сладостями. В XIX веке фамилия встречалась в южнорусских и украинских губерниях, особенно в Херсонской и Таврической, где инжир выращивали в садах.

Интересно, что фамилия Смоковдина не получила массового распространения: она редкая, и это говорит о локальном происхождении. В отличие от фамилий на -ский, которые часто давали семинаристам по названиям церквей (например, Смоковницкий), форма на -овдин/-овдина — более архаичная, патронимическая. Она могла закрепиться за одной семьёй, где прозвище Смоква передалось как родовое имя. Других версий, кроме «от смоквы», у этимологов нет — корень однозначно растительный, без омонимии с другими словами.