Фамилия Смоквины — редкий случай, когда в основе лежит не имя или ремесло, а почти забытое растение. Прозвище Смоква давали человеку, имевшему отношение к смокве — так в южных говорах называли инжир, а иногда и любую сушёную ягоду или плод. Вероятнее всего, предок носителя фамилии либо торговал сушёным инжиром, либо сам его выращивал, либо получил шутливое прозвище за любовь к этому лакомству.

Фамилия образована по стандартной восточнославянской модели: к основе «Смокв-» добавили суффикс принадлежности «-ин», что буквально означает «сын Смоквы» или «человек из семьи Смоквы». Форма множественного числа «Смоквины» типична для русских фамилий, обозначающих целый род или династию. В документах XVII–XVIII веков встречаются отдельные упоминания крестьян и посадских людей с прозвищем Смоква, но фамилия в её современном написании закрепилась, скорее всего, не раньше XIX века.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Украине, где инжир был более известен. В центральных и северных губерниях её почти не фиксировали — там смокву знали хуже, а в качестве прозвища чаще использовали «Сушёный» или «Вяленый». Интересно, что в некоторых говорах словом «смоква» называли не только инжир, но и баклажан, что добавляет ещё одну возможную версию происхождения: предок мог быть огородником или торговцем овощами.

С точки зрения словообразования фамилия Смоквины стоит особняком от более частых «ягодных» фамилий вроде Калинина или Малинина. Смоква — не дикая ягода, а привозной или южный продукт, поэтому носители фамилии, вероятно, происходили из торговой или садоводческой среды, а не из крестьян, собиравших лесные дары. Встречаются также варианты написания через «а» — Смаквины, но это уже результат акающего произношения, зафиксированный в метрических книгах отдельных губерний.