Фамилия Собенины — отчество второго порядка. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Собеня, а оно, в свою очередь, образовано от прилагательного «собенный». В русских говорах это слово означало «собственный», «личный», «своеобычный», а также «отдельный, особый». Человека могли назвать Собеней за независимый нрав, за стремление держаться особняком, либо за то, что он владел чем-то своим, отдельным — домом, наделом, промыслом.

Строение фамилии простое: к основе Собен- добавляется фамильный суффикс -ин (указывающий на принадлежность: «чей?» — сын Собени), а затем окончание множественного числа -ы, типичное для дворянских и купеческих родов, а также для обозначения всей семьи. Получается: Собеня → сын Собени → Собенин → семья Собениных.

В ономастике эта фамилия стоит в одном ряду с такими, как Соболев (от соболь), Собин (от собина — имущество) и Собанский. Но если Соболев отсылает к зверю, то Собенин — к личному качеству или статусу. Словарь Б. Унбегауна относит подобные образования к группе фамилий, возникших из прозвищ, характеризующих человека по его положению или отношению к собственности.

Встречается фамилия преимущественно на севере и северо-востоке европейской части России — в бывших Вятской, Пермской, Вологодской губерниях. Там слово «собенный» было особенно употребительно. Предки Собениных могли быть как крестьянами-собственниками (редкость для тех мест), так и просто людьми с независимым характером. Дворянских родов с такой фамилией в официальных родословных книгах не зафиксировано — скорее всего, это старинная крестьянская или посадская фамилия.