Фамилия Софий образована от аналогичного имени, которое является народной формой крестильного мужского имени Софоний (Софон, Сафон), которое было весьма популярным в старину и означало «господь защищает». Скорее всего, основатель рода София был выходцем из рабочей или крестьянской среды.