Фамилия Софий — одна из тех, что хранит в памяти народную форму старинного крестильного имени. В её основе лежит имя Софий, которое в старину было просторечным, обиходным вариантом церковного имени Софоний. Само имя Софоний происходит от древнееврейского и означает «господь защищает». Так что, вопреки возможной ассоциации с греческим словом «софия» (мудрость), корень здесь совсем иной — ветхозаветный, пророческий.

Обратим внимание на саму модель образования. Фамилия застыла в форме, совпадающей с исходным личным именем, без привычного суффикса -ов или -ин. Это характерно для так называемых «семейных прозвищ», которые нередко встречались в среде простого люда. Скорее всего, основатель рода Софий был выходцем из рабочей или крестьянской среды: в этих сословиях фамилии часто записывали в краткой, «как слышится» форме, без дальнейшей русификации через патронимический суффикс. Такая модель встречается реже, чем стандартные отчества, и потому фамилия выделяется на фоне соседних Софоновых или Сафоновых.

Стоит различать фамилию Софий и фамилию Софийский. Вторая — искусственного, семинарского происхождения, её давали в духовных училищах от греческого «софия» (мудрость). Первая же, Софий, — народная, «низовая», и связана именно с именем Софоний, а не с отвлечённым понятием. Это важное различие помогает не запутаться в происхождении и не приписывать предкам-носителям фамилии Софий духовный сан, которого у них, по всей вероятности, не было.

Имя Софоний в старину действительно было популярным, хоть и не таким частым, как Иван или Пётр. От его разговорных форм — Софон, Сафон — пошли многие фамилии: Софонов, Сафонов, Сафонцев. Фамилия Софий в этом ряду стоит особняком: она сохранила не усечённую, а полную народную форму имени, что делает её ценным свидетельством живой речи тех времён. По сути, это застывшее во времени обращение к предку — без добавлений и переделок, именно так, как его звали в быту.