Фамилия Софин чаще всего отвечает на вопрос «чей ты будешь?» — и указывает на предка по имени Софа. Так на Руси в быту сокращали церковное мужское имя Софоний, которое означало «господь защищает». Имя было ходовым в старину, поэтому и фамилия получилась нередкой, а её носители разбросаны по разным областям — от северных земель до южных губерний.

Разбираем словообразовательную модель. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Софин — это «сын Софы», как Петин — сын Пети, а Ванин — сын Вани. Такие «притяжательные» фамилии на -ин и -ов складывались в XV–XVII веках, когда после имени отца закреплялось прозвище для всего рода. Народная форма Софа могла относиться не только к Софонию, но и к Софону, Сафону — тем же вариантам того же имени, которые в разных говорах звучали по-разному. Поэтому Софины могли быть дальними родственниками Сафоновых и Софоновых, хотя сейчас это уже отдельные фамилии.

Менее вероятная версия связывает фамилию со словом «софа» — турецким диваном, обитым тканью или кожей. Но прозвище по мебели вряд ли закрепилось бы как фамилия: для этого нужен был бы яркий бытовой контекст, вроде «Софа» как насмешливое прозвище ленивца. Такое возможно, но для имени Софа оснований куда больше — оно встречалось в святцах, а значит, было у людей на слуху.

Точное место и время возникновения фамилии назвать трудно: фамилии формировались постепенно, и один и тот же род мог писаться то как Софин, то как Софонов в зависимости от писаря. Но сам факт, что фамилия устоялась в форме Софин, говорит о том, что в какой-то момент предка звали именно Софой, и это имя передалось детям как родовое прозвище.

Отдельная деталь: в женском роде фамилия звучит как Софина, и это нормально для русской модели на -ин — она склоняется как прилагательное, и ударение чаще падает на первый слог: Со́фин. Встречается и вариант с ударением на второй слог — Софи́н, но он реже и может указывать на украинское или белорусское влияние, где подобные фамилии тоже бытовали.

Если коротко: фамилия Софин — это памятник тому, как личное имя, пройдя через народную форму, закрепилось за родом. Никакой мистики, просто имя Софа, которое носил предок, и суффикс -ин, который сделал его фамилией.