Фамилию Спиридонкин стоит разбирать, отталкиваясь от её необычного суффикса. В русских фамилиях суффикс -кин встречается реже, чем привычные -ов или -ев, и указывает на совсем другую модель образования.

В основе лежит крестильное имя Спиридон. Это имя греческого происхождения, в переводе — «надёжный», «прочный», «корзинка» (от слова spyris). В русском быту имя было распространено, но давало много производных форм: Спиря, Спиридонка, Спиридоня. Фамилия Спиридонкин образована не от полного имени, а от уменьшительно-ласкательной формы Спиридонка. Суффикс -ин (в звучании -кин) в русской ономастике традиционно присоединялся к основам на -а или -я: если отец был Спиридонка, то его дети — Спиридонкины. Со временем форма закрепилась как Спиридонкин.

Главная особенность этой фамилии — её связь с конкретной социальной средой. Фамилии на -кин в массе своей возникали не в среде дворянства или духовенства, а в крестьянской и мещанской среде, особенно в северных и центральных губерниях России. В отличие от фамилий на -ов (Спиридонов), которые могли быть у любого сословия, Спиридонкин почти наверняка указывает на простого человека, чьего предка в быту звали именно Спиридонкой, а не Спиридоном.

По географии фамилия встречается не повсеместно. Её очаги — это, скорее всего, бывшие Новгородская, Вологодская и Архангельская губернии, а также Поволжье. Там фамилии на -кин особенно характерны. В южнорусских и западнорусских землях форма Спиридонкин редка.

Сравните с однокоренными фамилиями: Спиридонов — самая распространённая, нейтральная по сословию; Спиридонский — могла быть семинарской или дворянской; Спиряков — от прозвища Спиря. А вот Спиридонкин стоит особняком: это не просто «сын Спиридона», а «сын Спиридонки», что передаёт бытовую, домашнюю интонацию. Такого предка, скорее всего, звали ласково или пренебрежительно, но в любом случае — по-свойски.