Фамилия Стафехин — один из тех случаев, когда исходное имя-основа почти вышло из обихода, а фамилия, образованная от него, осталась. Если посмотреть на суффикс, всё становится ясно: -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть предка звали Стафеха. Это разговорная, обиходная форма крестильного имени Евстафий. В народной среде полные имена часто усекали, а затем добавляли типичные для русского просторечия суффиксы -ех(а) или -ох(а): Евстафий превращался в Стафея, а оттуда уже в Стафеху. Сравните с похожими случаями: Арефий — Ареха, Мефодий — Мефеха. Так что основа фамилии — не ремесло и не прозвище по характеру, а каноническое имя.

Само имя Евстафий греческого происхождения, означает «устойчивый», «хорошо стоящий», что в христианской традиции перекликалось с идеей твёрдости в вере. На Руси оно было довольно распространено, но в народе быстро обрастало сокращениями: Стахей, Сташа, Стафей. Форма Стафеха — явно севернорусская или вятская. Для этих регионов характерно «аканье» в сочетании с фамильным суффиксом -ин, а также любовь к уменьшительно-ласкательным формам на -ех(а). Если ваши предки Стафехины родом, скажем, из Вологодской или Архангельской губернии, это полностью укладывается в картину.

Редкость фамилии объясняется тем, что имя Евстафий в XX веке почти вышло из употребления, а его производные формы закрепились лишь в отдельных родах. В отличие от массовых Ивановых или Петровых, Стафехины — фамилия локальная. В дореволюционных переписях она встречается в основном среди государственных крестьян и мещан северных уездов. Дворянской ветви, судя по доступным источникам, не было: суффикс -ин здесь указывает на простонародное происхождение, а не на принадлежность к знатному роду, где чаще использовались фамилии на -ов или -ский.

Есть и альтернативная, но менее вероятная версия: от прозвища Стафеха, которое могло возникнуть от диалектного глагола «стафить» — упрямиться, капризничать. Однако такие глаголы фиксируются в основном в южнорусских говорах, а фамилия с суффиксом -ин и основой на -ех(а) — примета севера. К тому же, имя Евстафий даёт более прямое и логичное объяснение без натяжек. Поэтому основная версия — от крестильного имени — остаётся основной.