Фамилия Станканинец — редкий случай, когда топонимическое происхождение почти не оставляет сомнений, но сам топоним найти непросто. Суффикс -ец в русских фамилиях обычно указывает на выходца из определённого места: «вологжанец», «тверяк» — но в фамилии он работает как указание на «жителя» или «уроженца». Основа Станкани- с большой вероятностью восходит к названию населённого пункта — деревни, хутора или урочища Станкань (Станканы, Станканово). Такие названия могли образоваться от прозвища или некалендарного имени Станкан — уменьшительной формы от «стан» (становище, стоянка) или от глагола «стать». В говорах «станканить» иногда значило «становиться на постой», «располагаться лагерем», так что прозвище Станкан мог получить человек, который ставил стан (шатёр, временное жильё) или жил на постоялом дворе.

Словообразовательная модель «основа + -инец» (ср. полтавинец, варшавянин) в фамилиях встречается нечасто и говорит о более позднем, книжном или полуофициальном закреплении. Вероятно, фамилия Станканинец оформилась в среде, где было важно указать на конкретную малую родину — например, при переписи или при переходе крестьян в другое поместье. Географически такие фамилии чаще всего встречаются в западных и южных регионах России, где топонимы на -ань/-ань не редкость (Станкань могло быть в Смоленской, Брянской или Псковской губерниях). В современных справочниках и телефонных книгах фамилия фиксируется единично, что подтверждает её локальное происхождение.

Если же допустить, что основа не топонимическая, а прозвищная, то «станканинец» могло означать «тот, кто делает станки» (ткацкие или токарные). Но суффикс -ец в таком значении дал бы скорее «станкарь» или «станочник», а не форму с -инец. Поэтому версия с названием селения — основная.

В целом, носитель фамилии Станканинец — потомок человека, которого в документах или в народе запомнили по месту рождения: «он из Станкани», то есть из деревни, хутора или починка с таким именем. Где именно находился этот населённый пункт — вопрос для краеведов и архивных поисков.