Фамилия Стародубенко образована от прозвища Стародуб, которое, вероятно, ведет свое начало от топонима Стародуб - древний город, который находится в Брянской области. Вероятно, основатель рода Стародубенко был уроженцем этого города. Стародуб получил свое название благодаря тому, что в давние времена его окружали дубовые леса. Старый дуб изображен на гербе этого города, первое упоминание о котором относится к 1080 году. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Стародуб, со временем получил фамилию Стародубенко.