Фамилия Старшинкова образована от мужской формы Старшинков, а та, в свою очередь, — от прозвища или нецерковного имени Старшой. В русской традиции «старшим» называли первенца, старшего сына в семье, либо человека, занимавшего более высокое положение по возрасту или статусу. Модель с суффиксом -инк- встречается реже, чем стандартные -ов/-ев и -ин, и указывает на принадлежность к определённому роду: Старшинков буквально означает «сын Старшины» или «потомок Старшого». Суффикс -инк- характерен для севернорусских и сибирских говоров, где фамилии на -инков, -ынков фиксируются чаще, чем в центральных областях.

В основе лежит слово «старшина» — в допетровской Руси так называли выборного или назначаемого руководителя общины, старосту, а позже — воинское звание. Однако не стоит путать прозвище с официальным чином: в крестьянской среде «старшиной» могли прозвать самого уважаемого или самого возрастного мужчину, который фактически руководил мирскими делами. Таким образом, предок носительницы фамилии мог быть либо действительно выборным старшиной, либо просто старшим братом или сыном, получившим прозвище по старшинству.

Написание с буквой «а» в корне (Старшинков, а не Сторшинков) закрепилось под влиянием акающих говоров, где безударная «о» произносится как «а». В документах фамилия могла варьироваться: встречаются варианты Старшинков, Старшенков, Старшинов, но форма с суффиксом -инк- остаётся наиболее редкой и локально привязанной. Географически фамилия Старшинков/Старшинкова чаще всего встречается в Архангельской, Вологодской и Кировской областях, что подтверждает её северное происхождение.

В отличие от более массовых фамилий на -ов, Старшинкова не имела широкого распространения среди дворянства или духовенства — это типичная крестьянская или посадская фамилия, возникшая не ранее XVII века, когда прозвища начали закрепляться в качестве наследственных имён.