Фамилия Стебенев образована от прозвища Стебень, и корень здесь — глагол «стебать», то есть «хлестать». Смысл прозвища напрямую связан с действием: так могли назвать пастуха, который стегал кнутом скотину, или погонщика лошадей. В украинском языке есть близкое слово «стебнути» — «бить, хлестать, полосовать», а также «досаждать» и даже «ловить рыбу, вытягивая её из воды». Поэтому вторая вероятная профессия предка — рыбак, который буквально «стебал» улов из реки.

Не исключено, что прозвище отражало не ремесло, а характер. Стебнем могли окрестить человека надоедливого, колкого, того, кто «досаждал» окружающим, или, наоборот, жестокого и резкого в обращении. В таком случае прозвище фиксировало поведение, а не занятие.

Словообразовательная модель проста и типична для русских фамилий: к основе Стебень добавили притяжательный суффикс -ев, который указывал на принадлежность. Первоначально Стебенев означало «сын Стебня», «ребёнок того, кого звали Стебень». Суффикс -ев, а не -ов, появился потому, что основа прозвища заканчивалась на мягкий согласный.

Любопытно, что фамилия сохранила редкую архаичную форму прозвища. В современных говорах глагол «стебать» чаще встречается в значении «стегать, бить», но само слово «стебень» как самостоятельное прозвище почти вышло из употребления. Это делает фамилию своеобразным памятником живой разговорной речи прошлого.

Сословной принадлежности первых Стебеневых мы точно не знаем, но судя по семантике прозвища, оно возникло в крестьянской или казачьей среде, где людей часто называли по ремеслу или повадке. Потомок человека с таким прозвищем со временем и получил фамилию Стебенев.