Фамилия Стебенев образована от личного прозвища Стебень и принадлежит к распространенному типу русских фамилий, построенных по модели «прозвище + суффикс -ев». Этот суффикс указывает на принадлежность: Стебенев буквально означает «сын Стебеня», «из рода Стебеня». Основа фамилии — прозвище Стебень, которое восходит к глаголу «стебать» — «хлестать». В украинском языке есть близкое слово «стебнути» — «бить, хлестать, полосовать», а также «досаждать» и даже «ловить, вытягивать из воды (рыбу)». Такая многозначность позволяет предположить, что прозвище Стебень закреплялось за людьми разных занятий.

Судя по смыслу, прозвище могли дать пастуху или погонщику лошадей — тому, кто постоянно пользовался кнутом или хворостиной. Не менее вероятно, что Стебнем звали рыбака, поскольку «стебать» в одном из значений — вытаскивать рыбу из воды. Но возможно и другое прочтение: если «стебать» понимать как «досаждать», то прозвище получал человек надоедливый, приставучий, а при значении «хлестать» — жестокий, скорый на расправу. Окончательно выбрать одну версию трудно: прозвища такого типа часто возникали независимо в разных местностях и закреплялись за разными людьми. Правдоподобнее всего выглядит связь с пастушеским или рыболовным промыслом, поскольку конкретное действие — хлестать или вытягивать — легко становилось основой для прозвища по роду занятий.

О точном месте и времени возникновения фамилии Стебенев говорить сложно. Процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, а прозвищные фамилии, в отличие от фамилий на -ский, чаще встречались в крестьянской и посадской среде. Фамилия Стебенев не относится к числу аристократических, но в этом и заключается ее ценность: она сохранила память о человеке, которого в его окружении знали по характерной черте или ремеслу. Потомок человека с прозвищем Стебень со временем получил фамилию Стебенев, и она закрепилась как родовое имя. Несмотря на внешнюю простоту, фамилия представляет собой памятник славянской письменности и культуры, в котором спрессованы и быт, и говор, и социальная история.