Фамилия Стефанкова образована от мужского крестильного имени Стефан, которое пришло на Русь вместе с христианством из Византии и в переводе с древнегреческого означает «венок». В основу фамилии легла не сама полная форма имени, а его уменьшительно-ласкательный вариант — Стефанок. Так на Руси могли называть ребёнка, младшего в семье, или просто обращаться к человеку с теплотой и уважением. Суффикс -ок в данном случае — типичный для народной, бытовой традиции именования, которая сосуществовала с официальной церковной.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная: от имени Стефанок через притяжательное прилагательное (Стефанков сын, Стефанкова дочь) возникла фамилия. Окончание -а указывает на принадлежность к женской линии или, что чаще встречается в современных документах, на форму, закрепившуюся за женщиной — носительницей фамилии. В историческом контексте фамилия Стефанкова могла изначально фиксироваться за женой или дочерью Стефанка, а уже затем распространиться на всё семейство.

Скорее всего, основатель рода был выходцем из простого сословия. В среде крестьян и посадских людей уменьшительные формы имён использовались повсеместно, тогда как дворянство и духовенство предпочитали полные канонические варианты. Поэтому фамилия Стефанкова несёт на себе отпечаток народной культуры, где имя было не просто формальным обозначением, а живым словом, связанным с домашним обиходом.

Стоит отметить, что фамилия имеет явные параллели с украинской и белорусской традицией, где суффикс -ок в фамилиях встречается особенно часто. В русском ономастиконе подобные формы также встречаются, но реже, чем, скажем, фамилии на -ов или -ин. Это позволяет предположить, что корни рода могут лежать в западных или юго-западных землях, где влияние украинской антропонимической модели было сильнее. Впрочем, без дополнительных генеалогических изысканий утверждать это с полной уверенностью нельзя.

Родственные фамилии — Стефанов, Степанков, Стефаненко, Стефанив — объединяет общая основа, но каждая из них развивалась по своей модели. Стефанкова выделяется именно уменьшительным суффиксом, который в ней сохранился в неизменном виде, что делает её особенно ценной для историков языка: такие формы редко закрепляются в официальных документах и чаще остаются в устной речи.