Фамилия Степунин образована от имени или прозвища Степуня. В основе лежит простая и распространенная модель: к основе на -а/-я добавляется типичный русский патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Степуни). Степуня — это уменьшительная или обиходная форма от канонического крестильного имени Степан (греч. stephanos — «венок», «венец»). В русской народной среде имя Степан давало множество производных: Степа, Стёпа, Степуха, Степаня, Степуня. Последняя форма — с суффиксом -ун(я), который в древнерусском языке имел ласкательное или, реже, прозвищное значение (сравните: Маруня, Гришуня). Таким образом, Степунин буквально означает «потомок Степуни», то есть человека, которого в быту звали ласковым вариантом имени Степан.

Степуня могло быть и не только именем, но и прозвищем, закрепившимся за человеком по какому-то внешнему или поведенческому признаку. В говорах слово «степуня» иногда связывали с медлительностью или степенностью — от глагола «степениться» (вести себя чинно, важно). Хотя прямых диалектных фиксаций такого прозвища в словарях нет, логика народной этимологии допускает, что прозвище могли дать неторопливому, основательному человеку. Однако основная версия остается антропонимической: от имени Степан через форму Степуня.

Географически фамилия Степунин — довольно редкая, но встречается в центральных областях России и в Поволжье. В словаре «Ономастикон» академика С. Б. Веселовского (XV–XVII века) упоминаний этой фамилии нет, что говорит о ее сравнительно позднем оформлении — скорее всего, в XVIII–XIX веках, когда крестьянские фамилии массово закреплялись через суффикс -ин. В отличие от распространенных Степановых, которые произошли от полной формы имени, Степунины — более локальная, «домашняя» фамилия, сохранившая в основе именно уменьшительный вариант имени, характерный для семейного или деревенского обихода.

Интересно, что в некоторых регионах фамилия могла писаться через «а» — Степунин, но с ударением на последний слог, что не меняет ее происхождения. Встречаются также однокоренные варианты: Степунов (от Степун) и Степушин (от Степуша). Все они — ответвления одного гнезда, восходящего к имени Степан. Носителям фамилии Степунин стоит помнить: их предки вряд ли были знатными людьми или дворянами (таких записей нет в родословных книгах), а скорее всего — крестьянами или мещанами, которых в документах записали по отцу, ласково звавшемуся Степуней.