Фамилия Степунина произошла от мужского крестильного имени Стефан, которое в переводе с древнегреческого означает «венок». В основу фамилии легла не полная форма, а производная, уменьшительно-ласкательная — Степуня. Так в народе называли Степанов в домашнем, обиходном кругу. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Степунина — это «дочь Степуни» или «жена Степуни», то есть потомок человека с таким именем.

Скорее всего, основатель рода Степуниных был человеком из простого сословия. В крестьянской и посадской среде полные имена использовали реже, а вот уменьшительные формы, наоборот, были повседневной нормой. Поэтому фамилии, образованные от таких «домашних» вариантов, чаще встречаются именно у выходцев из низов, а не у дворян, которые закрепляли за собой полные формы имени.

Интересно, что при мужском имени Степан фамилия Степунин встречается реже, чем, например, Степанов. Это делает её более редкой и локальной. Сама форма Степуня могла звучать и как Степуха, Степуша, поэтому у фамилии есть «родственники»: Степухин, Степушин. Все они восходят к одному корню и означают одно и то же — потомок человека по имени Степан.

В написании фамилии часто делают ошибку, путая её со Степаниной. Но Степанина образована от имени Степанида, тогда как Степунина — строго от мужского имени Степан. Это разные основы, и путать их не стоит. Если в роду передавали, что предков звали Степанами, то фамилия Степунина — прямое тому подтверждение.