Фамилия Стишкина — классический пример русской «материнской» фамилии, образованной через суффикс -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Стишкина буквально значит «дочь (или жена) Стишки». Мужской вариант — Стишкин.

Основа фамилии — прозвище или нецерковное имя Стишка. В русской ономастике это краткая, уменьшительно-ласкательная форма от имени Стихей. Имя Стихей — редкое, но не выдуманное: оно восходит к греческому Stichos (стих, строка, ряд). В святцах его нет, поэтому имя бытовало в миру, вне церковного календаря. Человека по имени Стихей в быту звали Стишка, а его детей — Стишкиными.

Версия, что фамилия произошла от слова «стишок» (маленькое стихотворение), маловероятна. Прозвища от названий литературных жанров в крестьянской среде XVII–XVIII веков, когда фамилии складывались, почти не встречались. Исключение — если прозвище давали за любовь к сочинительству, но тогда скорее бы возникла форма Стихотворцев или Стихов. Стишка как производное от личного имени Стихей — объяснение более простое и типологически распространённое.

Географически фамилия Стишкин (и Стишкина) редкая. В дореволюционных переписях она фиксируется в центральных губерниях России — в основном в Тверской и Ярославской, изредка в Московской. Это регионы, где бытовали старые нецерковные имена, что подтверждает версию об имени Стихей. Носители фамилии, скорее всего, принадлежали к крестьянскому сословию, реже — к мещанству.

Таким образом, предок современных Стишкиных — человек по имени Стихей, которого в домашнем кругу звали Стишкой. Фамилия сохранила память об этом редком имени, почти исчезнувшем из русского именослова, и о том, что когда-то на Руси детей называли не только по святцам, но и по собственному вкусу, выбирая звучное и необычное слово.