Фамилия Столупин — редкий случай, где за внешне прозрачной основой скрывается сразу несколько версий, и ни одна из них не лежит на поверхности. В отличие от фамилий на -ин, образованных от имен или прозвищ на -а/-я (Иван — Иванов, но Столупа — Столупин), здесь основа — Столуп- — не встречается в современных словарях как самостоятельное слово.

Самая вероятная версия — происхождение от прозвища Столуп, которое могло быть связано с глаголом «столупить» в диалектном значении «содрать, ободрать, снять кору». В таком случае прозвище могли дать либо человеку, занимавшемуся лущением коры (скажем, для производства лыка или мочала), либо, в переносном смысле, — тому, кто «обдирал» крестьян непомерными поборами (сборщику податей или суровому старосте). В русских говорах слово «столуп» фиксировалось как «лубок, содранная кора», а «столупить» — «ободрать, снять кожуру», что делает ремесленную версию вполне правдоподобной.

Вторая гипотеза, менее очевидная, — связь с диалектным «столб» или «столп». В некоторых говорах «столуп» могло быть искажённой формой слова «столп» (столб, колонна). Тогда прозвище Столуп дали бы высокому, прямому, как столб, человеку. Однако эта версия слабее: переход «б/п» на конце слова (столб → столп) обычен для русской фонетики, но суффикс -ин при такой основе (Столп-ин) дал бы фамилию Столпин, а не Столупин. Скорее всего, гласная «у» в корне — исконная, а не результат замены.

Третья, совсем редкая возможность — отчество от некалендарного имени Столупа, которое могло быть производным от «стол» (возможно, как прозвище приживала или того, кто «сидел во главе стола»). Но эта версия не подкрепляется данниками — в исторических документах подобное имя не встречается.

Фамилия Столупин — явно недворянская, скорее крестьянская или посадская, что подтверждается типичным суффиксом -ин, образующим фамилии от прозвищ на согласный. Встречается она преимущественно в центральных и северных областях России — в архангельских, вятских, костромских записях XIX века, где промыслы, связанные с обработкой дерева и коры, были распространены. Так что предки Столупиных, скорее всего, были ремесленниками-древоделами или людьми с цепким, «обдирательным» характером — и то, и другое даёт ясный портрет фамилии без прикрас.