Фамилия Столупина — женская форма мужской фамилии Столупин. Она образована от прозвища или нецерковного имени Столупа. В основе лежит древнерусское слово «столуп» или «столупа», которое означало «столб», «бревно», «колода». Слово это родственно современному «столп» (в значении «столб», «опора»). Соответственно, прозвище Столупа могли дать человеку высокому, крепкому, устойчивому, либо, напротив, неповоротливому и тяжелому на подъем — как бревно. В говорах слово «столупа» иногда употреблялось иронично по отношению к неуклюжему, грубоватому человеку.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Столупин — «сын Столупы». Эта модель типична для русских фамилий, образованных от основ на -а, -я. Мужская фамилия Столупин фиксируется в русских документах с XVII века. Например, в писцовых книгах по Новгородской земле встречаются крестьяне с таким прозвищем. Географически фамилия больше тяготеет к северным и центральным областям России — Архангельской, Вологодской, Костромской губерниям, где слово «столупа» бытовало в местных говорах.

Стоит отличать эту фамилию от похожей Столыпин. Несмотря на внешнее сходство, корни разные: Столыпин восходит к слову «столыпиться» (упрямиться, перечить) или к имени Столыпа (от «стол»), а Столупин — напрямую к «столупе» (столбу). Смешение в написании могло происходить из-за аканья или небрежности писцов, но этимологически эти фамилии не родственны.

Таким образом, предок носительницы фамилии Столупина, скорее всего, был крестьянином или посадским человеком из северных или центральных губерний России, получившим прозвище по своей внешности или характеру. Фамилия редкая, в современных справочниках массовых фамилий не значится, что говорит о её локальном происхождении и небольшом числе носителей.