Фамилия Стояненко относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от крестильного имени Стоян. Имя Стоян, вероятно, имеет болгарское происхождение и образовано от аналогичного крестильного мужского имени, которое в русском быту было весьма редким, зато в Болгарии и Сербии до сих пор распространено очень широко. Существует и такая версия: фамилия Стояненко происходит от прозвища Стоян, в основе которого лежит прилагательное «стойкий». Поэтому Стояненко буквально понималось как «сын Стояна».