Фамилия Стоянов — классический пример «русифицированной» фамилии, то есть славянской по корню, но оформленной русским патронимическим суффиксом -ов. Вопрос происхождения упирается в имя Стоян: чьё оно и откуда пришло в русскую среду.

Согласно главной гипотезе, имя Стоян — южнославянское, болгарское и сербское. Там оно до сих пор широко распространено и воспринимается как полноценное крестильное имя. В русский быт оно проникло редко, в основном через церковные книги или переселенцев с Балкан. От этого имени и образовали фамилию: Стоян + -ов = «сын Стояна». В Болгарии и Сербии фамилия Стоянов встречается очень часто, что косвенно подтверждает эту версию.

Есть и вторая, менее популярная гипотеза: русское прозвище Стоян. В этом случае в основе лежит не имя, а характеристика человека — «стойкий», «устойчивый», тот, кто крепко стоит на ногах или на своём слове. Такое прозвище могли дать упрямому, надёжному или медлительному человеку. Потомки такого Стояна со временем получали фамилию Стояновы.

Какая версия правдоподобнее? Для русской почвы — вторая, прозвищная. Прозвища от глагола «стоять» в русских говорах известны: Стоян, Стойко, Стояк. Они не были редкостью, и от них естественно возникали фамилии. Южнославянское влияние на русские фамилии тоже имело место, но в массовом порядке болгарские имена в России не приживались. Поэтому, скорее всего, для большинства русских Стояновых предок был просто человеком со стойким характером, а не выходцем с Балкан.

Точно сказать, когда и где впервые появилась фамилия, сложно: обе версии ведут в глубину веков, и письменных свидетельств о первых носителях не сохранилось. Ясно одно: фамилия редкая для русских земель, но не уникальная, и её носители могут с равным успехом оказаться потомками как болгарского переселенца, так и русского крестьянина по прозвищу Стоян.