Фамилия Стукалин образована от личного прозвища Стукаль по типичной для русских фамилий модели с суффиксом -ин, указывающим на принадлежность: Стукалин буквально означает «сын Стукаля», «человек из рода Стукаля». Основа прозвища — глагол «стукать», но вот что именно делал первый носитель этого имени, сказать однозначно нельзя.

Самая очевидная версия — связь с ремеслом или работой. Стукалом могли назвать плотника или бондаря, чья работа сопровождалась характерным стуком, либо мельника, молотившего зерно. Однако у слова было и другое, куда более мрачное значение. В исторических документах стукальщиками именовали изуверов из числа раскольников, которые в религиозном исступлении убивали друг друга ради «спасения души». Вряд ли эта страшная практика была массовой и частотной, но сам факт существования такого термина показывает, насколько многозначным было прозвище.

Письменные источники фиксируют носителей этого прозвища довольно рано. В 1545 году упоминается Стукал Михаил, холоп князя Судского. Позже, в 1625 году, в Торжке жил посадский человек Иван Стукалов. Обратите внимание: в записях встречаются обе формы — и Стукал, и Стукалов. Это типичная картина для XVI–XVII веков, когда прозвище ещё не застыло в фамилию, а его носители могли называться по-разному: кто-то просто Стукал, а кто-то уже Стукалов или Стукалин.

Интересно, что фамилия Стукалин закрепилась именно с суффиксом -ин, а не более распространённым -ов. Это говорит о том, что в момент формирования фамилии основой послужила форма Стукаль или Стукал, а не Стукало. Впрочем, в русской ономастике обе модели равноправны, и выбор зависел от местной традиции и говора. Сама фамилия довольно редкая, что неудивительно: прозвище, лёгшее в её основу, не было повсеместным и имело узкую, часто профессиональную или даже сектантскую окраску.