Фамилия Ступаева образована от мужского имени или прозвища Ступай. В основе лежит глагол «ступать» — в древнерусском языке он имел широкий спектр значений: от «идти, шагать» до «наступать, попирать». Ступаем могли прозвать человека с тяжелой, уверенной походкой, либо того, кто «ступает» по чужой земле, то есть захватчика, завоевателя. Впрочем, в некоторых говорах «ступай» означало «отправляйся, уходи» — возможно, прозвище дали непоседе или бродяге.

Модель образования типична для русских фамилий: к основе Ступай добавили суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Ступаев). Это патронимическая фамилия, то есть она обозначала потомка человека по имени или прозвищу Ступай. Женская форма Ступаева закрепилась в документах как вариант для женщин, но исторически фамилия мужская — Ступаев.

Интересная деталь: в ряде регионов России (особенно на юге и в Поволжье) бытовала фамилия Ступаков — от того же корня, но с другим суффиксом. Ступаева же встречается реже, что может указывать на локальное происхождение, возможно, из центральных или северных областей. Встречаются варианты написания с одной «п» — Ступаева, но это скорее ошибка переписчиков, так как основа «ступа» (от глагола «ступать») пишется через «п».

Сословная принадлежность предков Ступаевых не определяется однозначно. Фамилия могла возникнуть как в крестьянской, так и в посадской среде. В дворянских родословных книгах Ступаевы не значатся, что характерно для фамилий, образованных от бытовых прозвищ, а не от календарных имен. В целом, Ступаева — пример того, как обычное действие или черта характера предка стали родовым именем, сохранившимся на века.