Фамилия Ступенкова — женская форма от Ступенков, и её разумнее всего рассматривать в паре с мужским вариантом. Основа здесь — «ступенк-», что сразу наводит на мысль о слове «ступенька». Но прямой связи с лестницей, скорее всего, нет. В русских фамилиях на -ов/-ев редко закрепляется бытовой предмет в уменьшительной форме напрямую. Чаще за этим стоит прозвище или мирское имя.

Самая вероятная версия: Ступенков — это патроним, образованный от прозвища Ступенька или Ступенок. В диалектах русского языка «ступень» или «ступа» могли означать не только часть лестницы, но и неуклюжего, медлительного человека, того, кто «ступает» тяжело, с перевальцем. Либо, наоборот, так могли прозвать бойкого, шагающего широко — смысл зависел от интонации и контекста. Уменьшительный суффикс -енк- в основе (Ступенок) характерен для северных и северо-восточных говоров: в Архангельской, Вологодской, Вятской губерниях такие формы были обычны. Фамилия Ступенков могла сложиться именно там, а затем распространиться шире.

Менее распространённая, но допустимая гипотеза — связь с ремеслом. «Ступенькой» в некоторых промыслах называли деталь ткацкого станка или часть мельничного колеса. Тогда Ступенков — сын мастера, делавшего такие ступеньки. Однако это объяснение уступает прозвищному по частоте: фамилий от названий конкретных деталей орудий труда в русском ономастиконе заметно меньше, чем от личных характеристик.

В написании фамилии нет вариативности: ударение падает на второй слог (Ступе́нкова), суффикс -ов- стандартный, указывающий на принадлежность. Если сравнивать с однокоренными — Ступин, Ступаков, Ступа — то Ступенков стоит особняком из-за суффикса -енк-, который редко встречается в фамилиях центральной России и чаще выдают северное происхождение рода. Точных данных о сословной принадлежности первых носителей нет, но по модели образования это, скорее всего, крестьянская или посадская фамилия, не дворянская.